Dévastés par les huguenots en 1564 et en 1586, le couvent et l'église de Fongrave furent rebâtis dans le courant du 17e siècle par les soins des prieures successives. 'Le tout se fit fort pauvrement' jusqu'en 1643, date à laquelle la protection de Jean d'Estrades, évêque de Condom à partir de 1647, permit d'entreprendre une vaste campagne de construction et de décoration. De 1645 à 1650, une équipe dirigée par le sculpteur Simon, de Sainte-Livrade, élève le grand retable, complété en 1657 par trois statues du bordelais Frontin, et en 1677 par un tabernacle monumental (disparu) dû au même Simon et au doreur Launet d'Agen. En 1649 est posé le 'balustre' séparant la nef du choeur des religieuses, en fait un véritable jubé, flanqué par les autels de saint Léger (dévolu à la paroisse) et de saint Roch, sans doute érigés vers 1663 (date de la fondation de la confrérie de saint Roch). Simon fournit encore la chaire à prêcher en 1662, et Turingeau les chandeliers d'autel en 1668. L'argenterie, déjà abondante (lampes, calices, soleil, custode, porte-Dieu, boîtes aux saintes huiles), est enrichie en 1668 d'une lampe par l'orfèvre bordelais Semilion et en 1676 par un ensemble d'encensoir, navette, cuiller et boîte par 'maître Guillermy de Thoulouze'. Ce décor reste apparemment inchangé au 18e siècle, à l'exception de la chaire, disparue avant 1734 et remplacée dans la 2e moitié du siècle. La Révolution cause certainement la destruction du jubé, désormais inutile (seul le crucifix en sera conservé) ; les retables latéraux sont déplacés dans le bas-côté nord et fortement altérés : suppression des tableaux d'autel (remplacés par des niches), substitution des autels en noyer par des tombeaux en plâtre. L'essentiel du mobilier est cependant préservé : seuls les autels et la chaire nécessiteront quelques restaurations en 1824. La reconstruction de l'église entraîne la pose de nouvelles verrières vers 1893. Le grand retable, 'doré à neuf' en 1782, est sans doute décapé à cette occasion, tandis que l'autel de 1677 est remplacé par un pastiche moderne.