En 1640, le facteur d'orgue picard Ambroise Levasseur fut chargé de restaurer l'orgue qui se trouvait dans la chapelle depuis les années 1620. Il fut également chargé de construire un positif pour la chapelle de la Congrégation qui se trouvait de l'autre côté du mur ouest de l'église. Le positif et l'orgue étaient animés par la même soufflerie. Vers 1655, l'instrument fut probablement modifié par le facteur flamand Guillaume Hermans. L'orgue fut considérablement remanié en 1772 par le facteur angevin Jean Dangeville. Plusieurs réparations eurent lieu au 19e siècle : vers 1810, en1821, 1835, 1860, 1890. L'orgue fut restauré entre 1935 et 1937 (inscription), puis en 1947 par les facteurs Victor et Fernand Gonzalez. L'instrument fut à nouveau restauré en 1995.