Primitivement cette église fut placée sous le vocable du Saint-Sépulcre et ce n'est qu'au 16e siècle qu'apparut celui de Saint-Etienne qui lui est resté. Edifiée sur un cimetière appartenant aux chanoines de l'église collégiale Notre-Dame de Beaugency, elle fut commencée par des fidèles "a quibudam christianis fidelibus antiquitus inchoatam...", sans doute entre 1030 et 1050 et achevée et voûtée par Lancelin II, seigneur de Beaugency, entre 1070 et début 1078, époque de sa dédicace par Régnier, évêque d'Orléans. Le 2 février 1080, Lancelin la donna comme prieuré à l'abbaye bénédictine de la Trinité de Vendôme qui fit construire des bâtiments autour. Un acte de 1081, précise qu'elle était située hors les murs du bourg "prope murum castri", c'est-à-dire de la première enceinte de la ville dont il reste la Tour de Horloge et un vestige de mur à l'est de celle-ci. Cette église avait pour fonction de défendre au sprituel l'enceinte de la ville ainsi que son entrée conformément à une tradition établie depuis l'époque mérovingienne. C'est au 12e siècle que le clocher primitif fut probablement édifié à la croisée du transept. Un document de 1628, signalé par Adam, précise que l'édifice était en très mauvais état et qu'il y avait un cloître. Durant la période classique, le comble fut surhaussé et la charpente refaite. Le 12 décembre 1791 elle fut vendue comme bien national, servit de grenier à blé dans le comble et de cellier à l'intérieur, puis de débarras et dépôt de toutes sortes jusqu'en 1992. L'architecte Lisch nous apprend en effet qu'en 1879 c'était un magasin à bois. Considérée comme l'église voûtée la plus ancienne de France, elle fit partie en 1840 de la liste des édifices nationaux classés Monuments historiques. Malgré cela, la municipalité envisagea en 1847 de la détruire pour agrandir la place du Martroi. A cette occasion, Prosper Mérimée la fit racheter par l'Etat et la municipalité projeta alors d'acheter la propriété de Mlle Michau, attenante à la nef et au transept de l'église au sud, afin de la dégager et d'agrandir la place du Martroi. Lorin de Chaffin, maire de la commune, demanda ensuite l'autorisation de la louer pour en faire un magasin et avec les revenus de la réparer. Par un courrier du 2 novembre 1852, Prosper Mérimée se montre tout à fait hostile à cette façon de voir. Il envisageait plutôt une destination publique : une école par exemple, afin de ne pas en altérer le caractère. Sans doute dépité, Lorin de Chaffin, dans son ouvrage sur l'histoire de Beaugency paru vers 1856, ne pu s'empêcher d'écrire qu'elle ressemblait "plus que jamais à une vieille grange rapiécée". Le temps passant, elle fut néanmoins louée à la ville sous l'appellation de "Magasins de Saint Etienne". Des cartes postales du début du 20e siècle montre qu'elle constituait un support publicitaire particulièrement apprécié dont le préfet s'inquiéta en 1909. Ensuite elle fut rachetée pour le franc symbolique par la commune en 1992, restaurée et aménagée en vue de recevoir des expositions temporaires et servir de salle de conférence. Des vitraux du maître verrier Jean-Dominique Fleury ont été mis en place à cette occasion.