En 1514, les habitants de Beauregard demandent au chapitre de Lyon, la permission de construire une chapelle à leurs frais avec des fonts baptismaux, un tabernacle, des cloches et un cimetière. L'église paroissiale Saint-François-d'Assise, entourée d'un cimetière clos, est mentionnée dans les visites pastorales du diocèse de Lyon, du 30 avril 1614, comme annexe de l'église de Frans. En 1711, l'église menace ruine : un devis de 1784, dressé par Michel Ballet, maître entrepreneur de bâtiments à Trévoux, indique les réparations à réaliser au portail d'entrée, au couvert, à la charpente et au clocher. Les travaux sont terminés en 1787 : l'église comprend une nef lambrissée et deux chapelles latérales voûtées. Puis, constructions d'un nouveau clocher et d'une sacristie en 1836. L'église est érigée, par ordonnances royales, en chapelle vicariale en 1821, puis en église succursale en 1842. En 1847, la municipalité de Beauregard demande à l'architecte diocésain Louis Gaspard Dupasquier les plans et devis d'une nouvelle église à construire sur l'emplacement de l'ancienne et d'une partie du cimetière. L'adjudication des travaux est confiée à l'entrepreneur Léonard Cadet, de Blacé (Rhône). L église est achevée en 1855